Сергей Комиссаров родился в богатой семье, имевшей купеческие корни.

Отец — Михаил Герасимович Комиссаров (1867−1929), предприниматель, юрист, меценат, надворный советник, публицист, землевладелец — владел имением Дубасово и стекольным заводом во Владимирской губернии. Происходил из купеческой семьи. Личный дворянин. Кадет. С 1906 — член I Государственной Думы от Владимирской губернии. Был одним из основных пайщиков-вкладчиков Московского художественного театра и членом его правления. В 1918 году, лишившись всего состояния, Комиссаров поступил на работу в МХТ управляющим делами, позже был помощником бухгалтера, а потом стал секретарем правления. Дважды арестовывался ЧК.

Мать — Мария Петровна Смирнова (1867—1936), дочь знаменитого купца и промышленника Петра Арсеньевича Смирнова и Натальи Александровны Таракановой.

Сергей Комиссаров сначала пошёл по стопам отца, окончив юридический факультет Московского университета.

В период Великой (Первой мировой) и Гражданской войн — секретарь и санитар передового передвижного хирургического отряда.

После революции (1917) учился в школе МХТ у С. Г. Бирман и С. В. Гиацинтовой. Первая роль на профессиональной сцене — Аптекарь в комедии А. Франса «Немая жена» (пост. Н. П. Асланов, выпускающий реж. К. С. Станиславский; премьера состоялась 24 апреля 1919 на сцене 2-й Студии МХТ).

По окончании школы в составе группы актеров МХТ во главе с О.Л. Книппер-Чеховой, В. И. Качаловым и И. Н. Берсеневым выехал на гастроли в Харьков (1 июня 1919). Спустя месяц, отрезанные от Москвы наступлением А. И. Деникина, в условиях Гражданской войны актеры вынуждены были продолжить свое турне в южных городах России, Грузии, а затем (через Константинополь) — в Европе. В гастрольных спектаклях Комиссаров играл роли: Алеши («Братья Карамазовы» по роману Ф.М. Достоевского), Епиходова (А.П. Чехов «Вишневый сад»), Медведева (А.М. Горький «На дне»).

После раскола т.н. «качаловской группы» (1921) остался за границей в составе группы актеров-невозвращенцев. С 1922 название группы: «Зарубежная группа артистов МХТ»; после приглашения работать в Праге — «Пражская группа» (сезон 1923/24−1927). С 1922 по 1927 участвовал во всех ее спектаклях. В сотрудничестве с режиссерами Н. О. Массалитиновым и М. Н. Германовой создал образы Сатина (А.М. Горький «На дне»), Арнхольма (Г. Ибсен «Женщина с моря»), Каренина (Л.Н. Толстой «Живой труп»), Дядьки (Еврипид «Медея»), Гриши Расплюева (А.Н. Островский «Бедность не порок») и мн. др. Издавал рукописный журнал.

После 1927 вернулся в СССР. Работал в областных российских театрах: Омский драматический театр (с 1931), Ивановский драматический театр (1935−1938). Постановщик и исполнитель роли поручика Ярового в пьесе К. А. Тренева «Любовь Яровая». Другие роли: Очерет (В.М. Гусев «Слава»), рабочий Буранов (К.А. Тренев «На берегу Невы»), Круча (А.Е. Корнейчук «Банкир»), диверсант Келлер (братья Тур и Л. Р. Шейнин «Очная ставка»), Король (У. Шекспир «Гамлет»), Любим Торцов (А.Н. Островский «Бедность не порок»), Скупой Рыцарь (А.С. Пушкин «Маленькие трагедии»), Фамусов (А.С. Грибоедов «Горе от ума») и мн. др. Выступал в гастрольных спектаклях Театра МОСПС (Московского областного совета профессиональных союзов, с 1938 — Театр им. Моссовета) в Свердловске (лето 1934). Играл в театре в г. Кинешме.

С осени 1939 — режиссёр и актёр в Ярославском драматическом театре им. Ф.Г. Волкова, где проработал до выхода на пенсию (1957), сыграв более 65 ролей и поставив десять спектаклей. Был первым художественным руководителем и преподавал мастерство актёра в Студии, созданной при Ярославском драматическом театре (1943; последний выпуск состоялся в 1949). Во время Великой Отечественной войны — участник фронтовых бригад (театрально-концертных коллективов, выступавших перед бойцами Красной Армии в прифронтовой полосе, в госпиталях и т. п.). В послевоенное время работал в Ярославской филармонии; как мастер художественного слова выступал с чтецкими программами.

Награжден медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941−1945 гг.». В 1947 г. ему было присвоено Почетное звание «Заслуженный артист РСФСР».

Жена — артистка Вера Комиссарова.

Сергей Михайлович умер в Москве, похоронен на Новодевичьем кладбище (участок № 2).

Младшие братья также стали актёрами: Герасим Михайлович (1900 — 1973) служил в Волковском театре, Александр Михайлович (1904 — 1975) с 1925 до конца жизни состоял в труппе МХАТа. В спектакле «Дни Турбиных», который так любил Сталин, Александр Герасимов играл Николку Турбина. В фильме «Цирк» исполнил роль конструктора-любителя Шурика Скамейкина. С 1954 был профессором в школе-студии МХАТ. Заслуженный артист РСФСР (1943), народный артист РСФСР (1948).